ResearchWorkspaceTemplate

Codex 专用科研工作区。人类给方向和资源边界，主 Agent 用原生 subagent（子智能体）推进调研、idea、实验和论文；脚本负责实际工具操作，不负责启动其他 Codex 进程。

仓库布局

task/、research/、spec/ 和资料文本随工作区版本管理。代码、论文与参考仓库不复制进外层 Git；也支持相邻独立仓库。解析原文与阅读笔记分开，避免摘要覆盖原文。

开始

基础工具需要 Python 3.11+、Git；本地实验与检查点面向 Linux/macOS/WSL。实际研究在你已登录的 Codex 环境运行。主 Agent 模型保留你的配置，子角色配置见下表。

代码仓库应另行克隆并已有提交；登记不会下载代码或安装依赖。补全 research/brief.md 和 spec/ 后，在工作区根目录的 Codex 中输入：

旧 loop.py 已停止执行模型，只返回迁移提示。不要再使用 loop.py --execute。新检查点保存原生会话状态，不是自动运行器：

主 Agent 在派发和昂贵步骤前检查预算，并记录证据与下一步。默认预算仍由 spec/autonomy.json 决定；检查点墙钟时间包括会话间的空闲时间，不在恢复时重置。旧 C- 状态不自动解释为新 N- 状态。原生会话预算是协作式检查，不能强制中断一个未返回的模型调用；本地实验运行器仍有独立超时。关闭 Codex 后不会自动继续。

模型分工

配置参考你的 ResearchTemplate，不是实测速度排名。通常只并行 1–3 个独立工作；简单任务主 Agent 直接完成。项目需被信任后加载配置，实际账号需有对应模型权限。模型不可用时明确处理，不假称调用成功；缺原生子智能体时可顺序推进适合的工作，但不以另起 Codex 进程补位。

技能

技能使用英文或中文工作流程与必要说明；面向用户默认简洁中文，专有英文术语首次出现带中文释义。精简不删除证据或不确定性；英文论文、代码和 API 字段不插入聊天式括注。无需额外安装 caveman 或其他工作区。

文献与本地资料

复制文献技能的 .env.example 到同级 .env，只填需要的服务密钥：ALPHAXIV_API_TOKEN（兼容 ALPHAXIV_API_KEY）、SCIVERSE_API_TOKEN、可选 SEMANTIC_SCHOLAR_API_KEY。顺序为进程环境 当前 skill/.env 项目 .env；不通过 shell source 执行配置。

将示例标识换成真实来源。优先导入已有 Markdown，避免重复 OCR（光学字符识别）；需要解析 PDF 时，显式 --execute 使用已安装的 MinerU 或 PaddleOCR。只发布文本和来源，删除自己的临时副本，不删除原文件。解析器可能首次下载模型权重，离线使用需提前配置；不自动安装或上传 PDF 到云解析 API。参考克隆默认仅计划，--execute 才克隆，不覆盖、不 pull/reset、不运行第三方代码。

文献客户端的网络权限和 Codex 内置搜索权限不同；默认配置不开放 shell 网络或绕过审批。外部服务会收到查询内容，私密材料外传要另获授权。返回的元数据/摘要不自动成为已核验的科学证据。